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香港での所用を済ませたベス・エムホフは元恋人と関係を持つためにシカゴに立ち寄る。2日後、ミネアポリス郊外の自宅でベスがけいれんを起こし意識を失う。ベスの夫ミッチ・エムホフは慌てて病院に運ぶが、ベスは死因不明で病死する。ミッチが自宅に戻ると継子のクラークがそっくりな症状で死んでいる。ミッチは隔離されるが、正体不明の病気に免疫があることが判明し、解放される。自宅では10代の娘ジョリーが待っている。
アトランタではDHS（国土安全保障省）の職員らがCDC（疾病予防管理センター）のエリス・チーヴァーに会い、この病気がサンクスギビングの休みを狙った生物兵器によるテロではないかとの懸念を伝える。チーヴァーはEIS（CDCの1部門）の’病気の探偵’であるエリン・ミアーズをミネアポリスに派遣し、調査に当たらせる。ミアーズは発生源をベスまでさかのぼって突き止める。ミアーズは地元の役人と交渉するが、感染拡大阻止に向けて協力を得ることができないまま、感染し死んでしまう。ウイルスが広がるにつれ、シカゴやミネアポリスは封鎖され、強奪などが発生する。
CDCではアリー・ヘクストールが、ウイルスがブタ由来の遺伝物質とコウモリウイルスの合成物であることを突き止めるが、治療の研究は行き詰まる。研究者らが新たにMEV-1として同定されたそのウイルスにはどの培地が適しているかが解明されないからである。カリフォルニア大学サンフランシスコ校のイアン・サッスマンはチーヴァーのサンプルは破棄するようにとの指示にしたがわず、コウモリの細胞を使う有効な培地を見つける。ヘクストールはこれを突破口にウイルス開発を進める。他の研究者らはウイルスが接触感染し、変異するとR 0が4の割合で広まることを突き止める。また、全世界で12人に1人が感染し、致死率は25から30％になるだろうと予測する。
陰謀論者のアラン・クラムウィディはウイルスについてのビデオをブログに公開する。その中には、レンギョウに由来するホメオパシーにより自身の感染が治ったと主張するものがあった。人々はレンギョウを求めて薬局に殺到する。テレビ番組でのインタビューで、クラムウィディはチーヴァーが密かに恋人をシカゴ封鎖前に退避させたことを暴露する。チーヴァーは捜査対象となり公聴会への出席を求められる。レンギョウの売上げを伸ばそうと詐病したクラムウィディは、共同謀議と証券詐欺と過失致死の罪で逮捕されるが、熱心な支持者たちの金で保釈される。
弱毒化ウイルスを使用して、ヘクストールは有望なワクチンを見つける。感染患者からの同意を得る手間を省こうと、ヘクストールは自身にその開発中のワクチンを注射して、感染患者である父親を見舞う。彼女はMEV-1に感染せず、ワクチンは有効であるとされる。CDCはワクチン接種の順番を誕生日による抽選とする。この時点で、全米では250万人、全世界では2600万人が死亡している。
香港ではWHO（世界保健機関）の疫学者レオノーラ・オランテスと公衆衛生職員らがベスを初発症例だと突き止める。政府職員のスン・フェンはオランテスを拉致し、自身の出身村用にMEV-1のワクチンを入手するための人質とする。WHOはワクチンと引き換えに彼女を解放させる。オランテスはそのワクチンがプラセボであることを知ると、そのことを村民に警告しようと走り出す。
終幕の回想シーンでは、中国でベスが感染する何日も前に、ベスが取締役を務める会社のブルドーザーが木をなぎ倒し、コウモリが飛んで逃げていく。その1匹が豚小屋に飛び込み、バナナのかけらを落とす。そのバナナをブタが食べる。ブタは屠殺されて、それを調理したコックがカジノでベスと握手をして、ウイルスが彼女に感染する。
 
＜出典＞コンテイジョン

また、世界ではベスと同じような症状が相次いでいました。ロンドンの女性に至っては、意識を失ったままでした。ベスもロンドンの女性のように、高熱にうなされます。そしてそのまま意識を失い、亡くなってしまうのでした。ベスだけでなく、夫と子供も同じ症状を辿り。命を落とします。

「政府が伝染病を隠蔽している」そう感じ、調査を始めたのは、フリーで活躍するジャーナリストのアランでした。

ＷＨＯのチーヴァー博士は伝染病についての調査を始めます。ベスの死体を解剖し、謎を突き止めようとするのですが、解剖の手術をした女性ミアーズも、感染してしまいます。ミアーズは、感染拡大を防ぐため、自宅に帰ることも許されませんでした。その後、息を引き取るのでした。それでも研究を止めるわけにはいきません。手術の成果もあって、ウイルスの全容が見えてきました。世界を脅かそうとしている新しいウイルスは、コウモリと豚のウイルスが混ざった物でした。

最初の発症者はベスであり、感染源は、ベスが出張で向かった香港でした。ワクチンを作ることが、求められます。コンテイジョン、つまり濃厚接触による感染や、飛沫感染で伝染するこのウイルスは、瞬く間に世界中に広がる可能性がありました。

そんな中、伝染病にいち早く気付いたアランは、デマを流していました。「植物レンギョウで治る」そんな嘘の情報に、大衆は狂ったように、植物レンギョウを買い求めるのでした。それは暴動になります。パンデミックの中、恐怖から逃れるため、嘘の情報を信じてしまい、自分さえ治れば良いという自分勝手な恐怖心が世界を包み込むのでした。

ワクチンが完成しました。しかしワクチンは、そう簡単に世間に流通させられる物ではありませんでした。まず、その効果が本当なのか、真偽を確かめねばなりません。ワクチンを開発したヘックストールは、自らを被検体に選びます。ウイルスに冒され、ワクチンを自らの身体に入れます。ヘックストールの症状は、見事に治まりました。ワクチンの開発に成功したのです。

急いで大量生産を行いますが、伝染にスピードが追いつきません。抽選で配布者を決め、感染者は、自分が選ばれるのを待つしかできませんでした。世界に配布されるまで、長い時間が経ちました。死者はなんと、２６００人にも及びました。しかし、ワクチンの配布もあって、事態は徐々に収束していくのです。

ラスト結末

アランは詐欺罪で逮捕されました。アランが流した情報によって、何人もの人が踊らされたのです。しかし、アランにはデマで手に入れられた大金がありました。アランはその大金を用いて、釈放してもらいます。世間には、未だにアランを信じている人もいました。多くの人に恐怖心を植え付けたパンデミックから、それが嘘でも、縋る物を与えてくれたアランは、信仰を与えるには十分だったのです。

チーヴァー博士は事態の責任を取ることになります。彼は愛する妻のため、世間のために献身的に研究をしたのですが、ウイルスという誰のせいでもない出来事の責任を取ることになったのでした。

ウイルスはなぜ、どこから発生したのでしょうか。それは、ほんの小さな出来事でした。ベスが働いていた会社では、バナナの栽培が行われていました。コウモリはバナナを食べ、糞をします。その糞を、豚は食べるのでした。そして、その豚を調理していた料理人は殺菌はおろか、手も洗わずに、ベスと握手を交わしていたのでした。豚とコウモリが混ざったウイルス、それが、ベスの手に伝ったのでした。